Zum besseren Verstehen:
siehe http://en.wikipedia.org/wiki/File:E-30-Cutmodel.jpg
und hier eine Canon 1000D (die 1100D ist ähnlich aufgebaut): http://www.chip.de/ii/271215479_5e31132406.jpg
Der Spiegel liegt nicht in der Fokusebene des Sucherokulars. Staubflusen auf der Spiegeloberfläche würdest du deshalb nicht wahrnehmen.
Das, was du siehst, sind Staubteilchen auf der Mattscheibe (ist aus Kunststoff). Wenn du mit Eigenmitteln versuchst, diese zu entfernen, wird es nur schlimmer und die Mattscheibe kann beschädigt werden.
Man müßte die Mattscheibe ausbauen und dann fachgerecht reinigen, evt. in einem Ultraschallreiniger oder mit sanfter Druckluft (ganz genau weiß ich das nicht). Aber es wird nicht lange dauern, bis neuer Staub zu sehen ist.
Da sich das Problem nicht auf die Bilder auswirkt, rate ich, mit dem Makel zu leben.
Unsachgemäßes Herumfummeln am Spiegel kann übrigens die Lage des rückwärtigen Hilfsspiegels dejustieren, den man aber nur sieht, wenn man mit dem Finger den Hauptspiegel nach oben drückt. Dieser Hilfsspiegel hat mit dem Autofokus zu tun. Ein dejustierter Hilfsspiegel hat einen fehlerhaften Autofokus zur Folge.
Die Reparatur wäre übrigens kostenpflichtig - und ja, die Techniker können erkennen, ob Hobbyhandwerker zugange waren
Ich hoffe für dich, dass deine Aktionen keine Folgen hatten. Geh fotografieren und freue dich an den schönen Bildern und wende dich in Zukunft an Fachleute, wenn es probleme mit der Kamera gibt.